Historia Nakomiad sięga czasów średniowiecza. Na terenie dzisiejszej wsi znajdowała się pruska osada. Informacje o jej istnieniu pochodzą z końca XIV wieku. Pod koniec czternastego stulecia, kiedy rycerze z zakonu Najświętszej Marii Panny w pełni kontrolowali większość terenu, wystawiony został przywilej lokacyjny, który ustanawiał w Eichmedien (ówczesna nazwa Nakomiad) stałą osadę krzyżacką. Miała ona też charakter rybacki z uwagi  na rozciągające się na tym terenie jezioro (w późniejszym czasie osuszone). Przywilej lokacyjny wystawił Konrad von Kyburg, komtur bałgijski pomiędzy 1392 a 1396 rokiem. Z kolei komtur Ulryk von Jungingen, późniejszy wielki mistrz zakonu krzyżackiego, potwierdził w 1402 roku przywilej lokacyjny i od tej pory wieś funkcjonowała na prawie chełmińskim.

Pałac w Nakomiadach wybudowany został w miejscu średniowiecznej warowni powstałej w latach 1392-1396 zwanej Fliehburg, po której pozostało do dziś niewiele śladów. Średniowiecza sięga drugi poziom piwnic pałacu. Na terenie parku widoczne są ślady murów obronnych oraz pozostałych po nich wałach ziemnych. Niestety, dzisiaj trudno powiedzieć, kiedy i w jakich okolicznościach ta średniowieczna warownia została zniszczona. W XVII wieku elektor brandenburski Fryderyk Wilhelm dobra Nakomiady nadał dyplomacie brandenburskiemu Janowi Hoverbeck za zasługi w uniezależnianiu miast pruskich od Korony Polskiej. Akt nadania, sporządzony w języku polskim i łacińskim, znajduje się obecnie w Muzeum Warmii i Mazur w Olsztynie . W latach 1664 - 1680 nowi właściciele posiadłości wznieśli pierwszy niewielki pałac. 27 kwietnia 1705 roku wmurowany został kamień węgielny pod jego rozbudowę, w wyniku której nadano mu obecną formę baroku holenderskiego. Zadania tego podjął się warszawski architekt Józef Piola cieszący się w ogromnym uznaniem.

Hoverbeckowie posiadali swoje włości przez 136 lat. W 1789 roku pałac oraz dobra nabył Friedrich Redecker, urzędnik przybyły z Prus. W związku z ich kupnem wystąpił o nadanie tytułu szlacheckiego i otrzymał tytuł barona. W czasie wojen napoleońskich majątek podupadł, podobnie jak wiele innych wschodniopruskich dóbr. W przywróceniu jego świetności pomogło małżeństwo Hermanna von Redeckera z Augustą von Trotha. Panna młoda nie tylko ponoć żywiła wielkie uczucia do syna Friedricha, ale wniosła też zastrzyk potrzebne gotówki. W kronice rodziny von Redecker zapisano wówczas: “Gorąca miłość połączyła teraz całą rodzinę z Nakomiadami, a na rzecz powrotu do świetności, każdy poświęcał swoje siły i prace”. Gruntowny remont pałacu przeprowadzono w 1905 roku. Nie wpłynął on jednak na zmianę architektury pałacu. W okresie międzywojennym, w wyniku kryzysu, majątek w Nakomiadach (jak i wiele innych w tym czasie) podupadł finansowo. W wyniku tego w  1932 roku wystawiony został na licytację i przejęty za długi przez nowego właściciela Paula Gerharda Goertza. 

Rodzina von Redeckerów wraz z seniorem Eberhardem pozostała zarządcą majątku aż do 26 stycznia 1945 roku, kiedy to na tereny Prus Wschodnich wkroczyły wojska radzieckie. Zaraz po wojnie na terenie pałacu zorganizowano szkołę, a potem utworzono przedszkole, świetlicę i biura Państwowego Gospodarstwa Rolnego oraz mieszkania jego pracowników. 

W 1985 roku wykwaterowano wszystkich mieszkańców i  rozpoczęto gruntowny remont. Nie został on jednak zakończony. W ciągu kilku lat pałac wraz z parkiem i folwarkiem był permanentnie dewastowane. Wycięte podłogi, wyrąbane siekierami drzwi i zawiasy, rozebrana część dachu i wreszcie całkowite zatopienie ogromnych piwnic. 

Od połowy 1998 roku w pałacu oraz 2001 roku w folwarku trwają prace remontowo-konserwatorskie prowadzone przez nowego właściciela.